马林斯基歌剧团的历史最远可以追溯到1783年。当时，国家出台一个关于组建剧院组委会的法令。同年10月5日在卡罗索广场成立圣彼得堡帝国大石剧院。19世纪40年代，原在圣彼得堡帝国大石剧院演出的俄罗斯歌剧团转移到亚历山德琳娜剧院和当时坐落在圣彼得堡帝国大石剧院对面的马戏大剧院演出。1859年，原有的马戏大剧院被烧毁，一个新的剧院在旧址上建造起来，并为了纪念沙皇亚历山大二世的妻子玛丽亚•亚历山德罗芙娜皇后，剧院被命名为马林斯基剧院。

  多年来，马林斯基歌剧院以俄国音乐史上一些最重要的歌剧的首演而闻名于世，其中包括穆索尔斯基的《鲍里斯•戈多诺夫》、里姆斯基- 科萨科夫的《普斯科夫女郎》、《五月之夜》和《雪女郎》、鲍罗丁的《伊戈尔王》、柴可夫斯基的《奥尔良少女》、《女妖》、《黑桃皇后》和《约兰达》、鲁宾斯坦的《恶魔》以及塔涅耶夫的《奥雷斯特》等。众多世界最优秀的歌唱家都曾在马林斯基歌剧院创造过辉煌，其中包括：伊丽莎白•拉罗萨卡雅、玛丽•库兹涅佐娃- 柏诺瓦、欧嘉•喀什瓦洛娃、伊莉娜•芭卡契娃和尼古拉•奥克赫特尼科夫等。

  如今，马林斯基歌剧院早已将经验和传统融入在新的朝气蓬勃中。其独唱家不仅早已征服了本国人民，更是在世界一线剧院的舞台上独领风骚。歌剧院上演了众多世界当代作曲名家的歌剧作品，其中包括罗季翁•谢德林的《陶醉的流浪人》、亚历山大•斯梅科夫的《卡拉马佐夫兄弟》、尼古拉•卡伦尼科夫的《使徒圣保罗的秘密》等。20世纪90年代和21世纪初始，理查德•瓦格纳的作品再次成为剧院的保留剧目，其作品《尼伯龙根的指环》更是和其他歌剧作品一样，以其原始语言重新上演。同时，欧洲古典歌剧也重新被搬上舞台，其中包括莫扎特、威尔第、柏辽兹、多尼采蒂、列昂卡瓦洛、普契尼、比才、罗西尼、理查德•施特劳斯、雅那切克、巴托克、布里顿和其他作曲家的歌剧作品。而俄罗斯传统剧目方面则是基于格林卡、鲍罗丁、里姆斯基- 柯萨科夫、柴可夫斯基、拉赫玛尼诺夫、斯特拉文斯基、肖斯塔科维奇和普罗科菲耶夫等大师的歌剧作品。